El trabajo académico e intelectual de Manuel Antonio Garretón abarca diferentes planos: intelectual e investigación, construcción institucional, educativo, proyección internacional, vinculación a la lucha por una sociedad justa y democrática.
Garretón cuenta con más de cuatrocientas publicaciones académicas, sin contar sus innumerables intervenciones en columnas y entrevistas de opinión, entre las que se cuentan cerca de sesenta libros y libros breves, de autoría, co-autoría o coordinación y más de trescientas cincuenta artículos y documentos de trabajo. En ellas se abarca una variedad de campos desde las ciencias sociales como conjunto, a partir de la sociología pero incorporando sustantivamente la ciencia política y también conocimientos y enfoques de otras disciplinas de las humanidades. Entre estos campos cabe considerar el análisis de los procesos políticos chileno y latinoamericano; la globalización, las transformaciones de la sociedad y la cultura contemporánea y los modelos de modernidad; los regímenes políticos autoritarios y los procesos de transición democrática; las demandas sociales y las políticas públicas, la democracia y el estado; opinión pública y cultura política, los movimientos, actores e identidades sociales; juventud y sociedad; cultura y políticas culturales; ideologías y procesos sociales; evolución de las ciencias sociales; educación, Universidad y sociedad; análisis de literatura, teatro y cine desde la perspectiva de las ciencias sociales.
Más allá de la cantidad y variedad de campos existe una cierta unidad en la perspectiva analítica de toda su producción. En todos los campos que ha abordado, su principal esfuerzo es la explicación y análisis de los fenómenos sociales estudiados y que afectan la vida del país y del continente y de quienes ahí viven, buscando generar conceptos y esquemas que permiten su comprensión y, por lo tanto, insertando el trabajo empírico y de producción de datos en una elaboración teórica y vinculando los principales debates y tendencias del pensamiento social contemporáneo con la realidad y reflexión de nuestro contexto histórico.
Así, en su primer libro como coautor, colaboró desde muy joven en la primera tipología social de las comunas en Chile, la que ofrecía una discusión y re-elaboración de los conceptos de marginalidad de tanta vigencia en aquellos tiempos. Sus primeros artículos abordaron las cuestiones universitarias de los sesenta y las transformaciones de la Iglesia conciliar.
Más adelante, sus análisis de la crisis de la democracia en Chile y del período de la Unidad Popular (1970-1973), junto con el destacado socilogo Tomas Moulian, además de proveer la primera narración detallada de los procesos políticos del periodo, dejarán planteada la cuestión del vacío teórico-ideológico del proyecto denominado “vía chilena al socialismo”. La discusión posterior sobre los modelos socialistas le permitió contribuir al proceso de renovación socialista, donde la cuestión fundamental fue la elaboración de las relaciones entre socialismo y democracia como elemento indisoluble del proyecto socialista.
Su análisis del régimen militar en Chile buscó insertarse en la discusión más universal y Latinoamericana de estos regímenes, con su perspectiva de la doble dimensión de ellos, reactivo-represiva y fundacional y con el análisis de su ideología y de las oposiciones sociales y política.
Los procesos de transición a la democracia, fueron estudiados a través de la introducción de una nueva clasificación para América Latina que permite el análisis de sus propias especificidades según los casos, distinguiendo fundaciones, transiciones y reformas. En el estudio de estos procesos, desarrolló varias teorizaciones que pasaron a formar parte del acervo conceptual de las Ciencias Sociales en América Latina y otros contextos, pero también del debate y luchas democráticas: el concepto de enclaves autoritarios como herencias de los regímenes militares, el de poderes fácticos como actores que desbordan el marco de sus funciones legítimas, el de relevancia, calidad y profundización democráticas, como los nuevos problemas que afectan la situación post-autoritaria.
El análisis de los actores sociales y su transformación, especialmente de los movimientos políticos y culturales, lo llevó a re-elaborar la teoría de los movimientos sociales en términos de dos dimensiones, la de agente de historicidad y la de solución de problemas contingentes, para aplicarla a la América Latina de fin de siglo.
Al estudio de la cultura y de las políticas culturales contribuyó con su análisis de la institucionalidad cultural, expresada en propuestas de políticas públicas que llevarán a la creación en Chile del Fondo de Desarrollo de las Artes y, más adelante, al Consejo Nacional de Cultura, y con su perspectiva del espacio cultural Latinoamericano, coordinando una obra colectiva en la que participaron algunos de los más destacados especialistas e intelectuales latinoamericanos en una obra colectiva que coordinó en años recientes.
Para el análisis de las transformaciones globales de la sociedad, aplicado tanto a la chilena como latinoamericana, sus principales conceptos son los de matriz socio-política como articulación de las relaciones entre estado, partidos políticos y base socio económica y cultural, institucionalmente mediadas por el régimen político; modelos de modernidad como configuración socio-histórica de las dimensiones racional, subjetiva y de memoria colectiva; amalgama de los tipos societales industrial de estado nacional y post-industrial globalizado; redefinición de los problemas de derechos humanos en términos de las lógicas ética y estatal y de la cuestión de la ciudadanía en términos de su estallido normativo. El análisis del cambio de la matriz clásica en América Latina y su expresión particular en Chile, está ya incorporado en las investigaciones sobre la transformación de nuestras sociedades, habiéndose publicado un libro reciente en inglés y español en que desarrolla esta perspectiva junto a otros investigadores. En el período postdemocratización, su trabajo se ha orientado, por un lado, al análisis de los procesos refundacionales de las relaciones Estado-sociedad en América Latina en términos de la problemática socio-histórica de la igualdad y, al déficit en esta materia del caso chileno debido a su herencia neo liberal y del modelo político legados por la dictadura.
En general, Garretón intenta combinar el trabajo individual con la colaboración con colegas chilenos y de otros países, con la animación de grupos de trabajo y con la incorporación a ellos de jóvenes científicos sociales, de lo que las diversas publicaciones dan testimonio.
Muchos de sus trabajos han sido publicados en diversas lenguas (castellano, portugués, italiano, francés, inglés, alemán, japonés), en revistas de ciencias sociales y antologias y volúmenes colectivos sobre los temas indicados y en Diccionarios y Enciclopedias de Ciencias Sociales, y en diversas partes se han dedicado tesis de grado a la presentación y discusión de sus ideas.
En todo este trabajo se busca vincular el análisis y la comprensión de la realidad con sus tensiones y posibilidades de cambio y superación, es decir, la perspectiva científica con la dimensión ética y la acción de lucha por los derechos humanos y una sociedad más justa.
El trabajo intelectual de M.A. Garretón no se ha detenido en el campo de las Ciencias Sociales, sino que, como se ha señalado desde ahí se ha proyectado al análisis de fenómenos culturales, cine, teatro, literatura, situación internacional, coyuntura política.