Desde muy temprano, Manuel Antonio Garretón tuvo responsabilidades de docencia. Siendo estudiante fue Profesor Ayudante en la Escuela de Sociología y profesor de la Escuela de Trabajo Social de la Universidad Católica. Recién egresado fue Profesor de Cursos tanto en la Universidad Católica como en la Universidad de Chile. Luego de sus estudios de doctorado en Francia, coordinó programas docentes y enseñó análìsis socio-polÍtico de la sociedad chilena en el CEREN de la Universidad Católica. Desde su expulsión de la Universidad Católica con ocasión del golpe militar de 1973 empieza una labor docente de tipo informal, completando los cursos que afectaban a los estudiantes de la Universidad , recorriendo el país con cursos de analisis sociológico y político, realizando cursos en centros sociales y de capacitación, docencia informal en FLACSO y la Academia de Humanismo Cristiano, y dictando cursos a grupos de estudiantes, profesionales y dirigentes sociales en los más diversos lugares del país. Así, junto a otros, se constituyó un puente entre diversas generaciones atenuando en parte la brecha generacional que producían los cierres, suspensiones, expulsiones y censuras en las carreras de ciencias sociales, y en un puente entre la producción intelectual y la investigación que se realizaba en los Centros de Investigación independientes y variados sectores sociales y de opinión pública que no tenía un espacio público de acceso a ello.
Con el regreso de la democracia y la normalidad en las Universidades, fue, co-fundador y primer Decano de la carrera de Sociología de la Universidad Academia de Humanismo Cristiano, Director del Departamento de Sociología de la Universidad de Chile, donde re-estructuró el plan de cursos y la malla curricular, y ha dictado numerosos cursos de grado y postgrado en Chile, en instituciones como ILADES y Universidades, fuera de la Universidad de Chile, como Universidad Católica, Del Maule, ARCIS, Academia de Humanismo Cristiano, Diego Portales.
Junto a esta tarea de formación de nuevas generaciones, que incluye la preocupación por sus estudios de posgrado en el extranjero, se ha buscado difundir la presencia de las ciencias sociales en el debate del país. Su incursión en programas y escritos en los medios de comunicación desde la perspectiva de disciplinas científico sociales, ha buscado aportar a la constitución de una opinión pública informada que pueda incluir en sus razonamientos los conceptos del análisis social académico.